Auf der österreichischen Seite liegt die Verantwortlichkeit für die Durchführung des Programms der österreichischen Entwicklungszusammenarbeit des österreichischen Ministeriums für europäische und internationale Angelegenheiten bei der Österreichischen Entwicklungsagentur. Die Koordinierung der Projekte wird durch den Repräsentanten der österreichischen Entwicklungszusammenarbeit in Skopje gewährleistet. Auf der mazedonischen Seite wird die Koordinierung der Projekte durch das Sekretariat für Europäische Angelegenheiten gewährleistet. Sie sollen einander regelmäßig vom Fortschritt hinsichtlich der Durchführung der Projekte gemäß diesem Vertrag unterrichten.