Beginnend mit dem Knoten Wagram östlich von St. Pölten (zirka in Bestand-km 55,2 bzw. zirka km 43,9 der geplanten Neubaustrecke Wien-St. Pölten) unterfährt die Trasse in Tieflage die bestehende Westbahn sowie die S 33 – Kremser Schnellstraße – und folgt der S 33 westlich in enger Bündelung. Im Bereich des Knotens S 33/A 1 – Westautobahn schwenkt die Bahntrasse nach Westen und verläuft zirka ab der Otto-Bauer-Straße eng gebündelt mit der A 1. Danach folgt der rund 3,5 km lange Pummersdorfer Tunnel. Die Trasse verläuft ab der Pielachquerung wieder eng gebündelt mit der A 1 bis hin zum 565 m langen Radlleitentunnel und schwenkt in diesem Bereich von der Autobahn nach Nordwesten ab und läuft in schrägem Winkel auf die Bestandstrecke zu. Im Bereich der Bründlkapelle südwestlich von Großsierning mündet sie mit Tunnelabschnitten in die Bestandstrecke (Knoten Rohr, zirka Bestand-km 74,7).