Der Rekurs der Antragsgegnerin ist nicht berechtigt.
1. Der Oberste Gerichtshof wird auch als Kartellobergericht in kartellgerichtlichen Verfahren ausschließlich als Rechtsinstanz tätig; zur Überprüfung der Beweiswürdigung ist er damit - wie in allen anderen Verfahrensarten - in keinem Fall berufen (RIS-Justiz RS0123662; zuletzt 16 Ok 8/10).
2.1. Eine Aktenwidrigkeit ist nur gegeben, wenn Feststellungen auf aktenwidriger Grundlage getroffen werden, wenn also der Inhalt einer Urkunde, eines Protokolls oder eines sonstigen Aktenstückes unrichtig wiedergegeben und infolgedessen ein fehlerhaftes Sachverhaltsbild der rechtlichen Beurteilung unterzogen wurde, nicht aber schon dann, wenn das aufgrund der Beweisaufnahme gewonnene Sachverhaltsbild bloß vom Parteienvorbringen abweicht. Erwägungen der Tatsacheninstanzen, weshalb ein Sachverhalt als erwiesen angenommen oder bestimmte Feststellungen nicht getroffen werden könnten, fallen in das Gebiet der Beweiswürdigung, können daher weder eine Aktenwidrigkeit bilden noch gegen den Dispositionsgrundsatz verstoßen (RIS-Justiz RS0043347; 16 Ok 8/10).
2.2. In der Gewinnung tatsächlicher Feststellungen durch Schlussfolgerungen liegt selbst für den Fall der Unrichtigkeit dieser Folgerungen keine Aktenwidrigkeit. Beruhen diese Schlussfolgerungen auf einem mangelhaften Verfahren oder einer unlogischen Gedankentätigkeit, so können sie den Rechtsmittelgrund der Mangelhaftigkeit des Verfahrens oder der unrichtigen rechtlichen Beurteilung bilden (vgl RIS-Justiz RS0043189; 16 Ok 8/10).
2.3. Der Rechtsmittelgrund der Aktenwidrigkeit kann im Verfahren vor dem Kartellobergericht nicht als Ersatz für eine dort generell unzulässige Beweisrüge herangezogen werden (vgl RIS-Justiz RS0117019). Die Antragsgegnerin vermag in ihrem Rechtsmittel keine konkrete Aktenwidrigkeit im Sinne der zitierten Rechtsprechung aufzuzeigen. Die Rekursausführungen zur Aktenwidrigkeit sind der unzulässige und damit unbeachtliche Versuch, die in Kartellverfahren nicht bekämpfbare Beweiswürdigung des Erstgerichts, das einem von der Antragsgegnerin nominierten Zeugen nicht gefolgt ist, anzugreifen.
3. Auch die Rechtsrüge ist nicht berechtigt. Der Oberste Gerichtshof billigt die rechtliche Beurteilung des Erstgerichts sowohl im Ergebnis als auch in der methodischen Ableitung und verweist uneingeschränkt darauf (§ 71 Abs 3 AußStrG).
4.1. § 12 Abs 5 WettbG lautet:
Unmittelbar vor einer auf Grund von Abs 1 angeordneten Hausdurchsuchung ist derjenige, bei dem die Hausdurchsuchung vorgenommen werden soll, zu den Voraussetzungen der Hausdurchsuchung zu befragen, es sei denn, dies würde den Ermittlungserfolg wegen Gefahr im Verzug gefährden. Will der Inhaber von geschäftlichen Unterlagen deren Durchsuchung oder Einsichtnahme bei den eben genannten Hausdurchsuchungen nicht gestatten, so sind diese Unterlagen auf geeignete Art und Weise gegen unbefugte Einsichtnahme oder Veränderung zu sichern und dem Kartellgericht vorzulegen; zuvor dürfen sie nicht durchsucht oder eingesehen werden. Das Kartellgericht hat die Unterlagen zu sichten und mit Beschluss des Senatsvorsitzenden zu entscheiden, ob und in welchem Umfang sie durchsucht, eingesehen und Abschriften und Auszüge daraus angefertigt werden dürfen oder sie dem Inhaber zurückzustellen sind. Gegen diesen Beschluss steht ausschließlich das Rechtsmittel des Rekurses offen. Dieses hat keine aufschiebende Wirkung.
4.2. Diese Bestimmung bezieht sich, wie sich aus dem klaren Gesetzeswortlaut ergibt, nur auf den Fall, dass der Adressat der Hausdurchsuchung die Durchsuchung und Einsichtnahme von Unterlagen bei der Hausdurchsuchung nicht gestattet. Hat die Bundeswettbewerbsbehörde einmal Einsicht in die Unterlagen genommen, Kopien angefertigt und dergleichen und damit die Hausdurchsuchung beendet, kommt ein Antrag auf Versiegelung nach § 12 Abs 5 WettbG nicht mehr in Betracht, und zwar unabhängig davon, ob tatsächlich faktisch jedes Dokument angesehen wurde. Für den von der Antragsgegnerin erhobenen „Widerspruch und Antrag auf Versiegelung“ besteht daher keine gesetzliche Grundlage.
4.3. Eine Anwendung von § 106 StPO, der einen allgemeinen Einspruch gegen Rechtsverletzungen durch die Staatsanwaltschaft vorsieht, kommt bei einer vom Kartellgericht angeordneten Hausdurchsuchung mangels gesetzlicher Anordnung nicht in Betracht; § 12 Abs 4 WettbG verweist nämlich nur auf § 142 StPO idF BGBl 631/1975.
4.4. Dass der Gesetzgeber im WettbG nur auf einzelne Bestimmungen der StPO verweist, hat keine Gesetzeslücke zur Folge. Für den Rechtsschutz des Adressaten eines Hausdurchsuchungsbefehls - der im vorliegenden Fall sogar einen ausdrücklichen Hinweis auf § 12 Abs 5 WettbG enthält - ist es ausreichend, den Befehl einem vertretungsbefugten Organ zuzustellen. Ob und wie sich der Adressat des Hausdurchsuchungsbefehls an der Hausdurchsuchung beteiligt, bleibt dessen innerer Organisation überlassen. Besondere Belehrungspflichten der Bundeswettbewerbsbehörde nach den §§ 11a, 12 WettbG bestehen nicht (RIS-Justiz RS0127267 [T4]). Im Übrigen war hier das betroffene Unternehmen während der Hausdurchsuchung anwaltlich vertreten.
4.5. Eine gerichtliche Überprüfung der tatsächlichen Vorgangsweise der Antragstellerin bei Durchführung einer kartellgerichtlich angeordneten Hausdurchsuchung kommt nicht in Betracht, weil die Durchführung einer derartigen Hausdurchsuchung eine verwaltungspolizeiliche Maßnahme einer Verwaltungsbehörde ist. Ob eine Behörde ihre Befugnisse rechtmäßig ausgeübt oder überschritten hat, ist aber von den Unabhängigen Verwaltungssenaten zu prüfen (vgl die Materialien zum EU-WettbG 1993 AB 1752 BlgNR 18. GP 2; Xeniadis/Harsdorf, Aktuelles zu Hausdurchsuchungen: Anmerkungen zur Entscheidung des KOG im Dämmstoffverfahren, ÖZK 2012, 29; Rihs/Xeniadis, Ermittlungsverfahren vor der Bundeswettbewerbsbehörde - Vernehmung von Beteiligten und Zeugen, ÖZK 2011, 171, 172 f).
Damit geht die Auffassung der Rekurswerberin, die Antragstellerin habe als staatliche Behörde die Gesetze zu beachten, ihr Verwaltungshandeln unterliege einer Überprüfung nach Art 18 B-VG, im kartellgerichtlichen Verfahren ins Leere.
5. Aus § 58 dGWB lässt sich für den Rechtsstandpunkt der Antragsgegnerin nichts gewinnen. Abgesehen davon, dass aus Bestimmungen ausländischen Rechts nicht ohne weiteres Rückschlüsse auf die österreichische Rechtslage gezogen werden können, geht es in dieser Bestimmung um eine Beschlagnahme durch die Kartellbehörde ohne gerichtliche Anordnung (vgl Karsten Schmidt/Bach in Immenga/Mestmäcker, Wettbewerbsrecht: GWB4 § 58 Rz 1 ff).
6.1. Es liegt auch kein unzulässiger Erkundungsbeweis vor. Das WettbG kennt kein Verbot des Erkundungsbeweises; eine Hausdurchsuchung kann bei entsprechendem Verdacht auch als erstes Instrument zur Gewinnung von Beweismitteln eingesetzt werden (RIS-Justiz RS0127267). Während ein Auskunftsverlangen nach § 11a WettbG voraussetzt, dass die Unterlagen bereits bekannt sind bzw freiwillig zur Verfügung gestellt werden, darf bei einer Hausdurchsuchung nach § 12 WettbG nach Informationsquellen gesucht werden, die noch nicht bekannt sind, und es darf auch die Vollständigkeit von bereits vorliegenden Beweisen überprüft werden (vgl RIS-Justiz RS0127267 [T1]).
6.2. Gegenstand und Zweck einer Hausdurchsuchung ergeben sich jeweils aus der betreffenden richterlichen Anordnung. Diese grenzt die Möglichkeiten und Ermächtigung der Bundeswettbewerbsbehörde ab. Daraus ergibt sich auch der Umfang der möglichen Verwertung von Unterlagen (Müller in Petsche/Urlesberger/Vartian, KartG § 12 WettbG Rz 23, 43).
6.3. Für nicht vom Hausdurchsuchungsbefehl gedeckte Ergebnisse besteht ein Beweisverwertungsverbot nach § 11 Abs 1 WettbG (vgl dazu Matousek in Petsche/Urlesberger/Vartian, KartG § 11 WettbG Rz 6). Dadurch ist der Adressat der Hausdurchsuchung ausreichend geschützt. Zur Geltendmachung eines allfälligen Beweisverwertungsverbots bedarf es keines gesonderten Widerspruchs nach Abschluss der Hausdurchsuchung; ein darauf gestützter Einwand kann im Kartellverfahren selbst geltend gemacht werden.
7. Dem erst nach Beendigung der Hausdurchsuchung gestellten Antrag mangelt es demnach an einer gesetzlichen Grundlage. Die angefochtene Entscheidung ist deshalb mit der Maßgabe zu bestätigen, dass der unzulässige Antrag zurückzuweisen ist.